L'organigrama de la Fundació IBIT es representa gràficament de la següent forma (darrera actualització Septembre 2003):
Zona estratégica
- Director General: Toni Roig
Zona de transferencia i suport
Zona tecnològica
Cada zona està dividida en diferents àrees de coneixement que col·laboren entre elles segons la tipologia de cada projecte.
La Fundació IBIT ofereix treball i formació a becaris per a participar en projectes concrets i redactar els seus projectes final de carrera, amb col·laboració amb la FUEIB (Fundació Universitat i Empresa de les Illes Balears) i Centres de Formació Professional.